سمیه فرهمند؛ فائزه فاطمی؛ مرضیه دهقان شاسلطنه؛ رضا حاجی حسینی بغدادی؛ شهریار سعیدیان
چکیده
در باکتری اسیدیتیوباسیلوسفرواکسیدانس، پروتئین‌های موجود در مسیر زنجیره انتقالالکترون از جمله پروتئین سیتوکروم C اکسیداز (CoxB)، پروتئین CoxB حاوی دو اتم مس (CuA, CuB) در ساختار خود می‌باشد. CuAنقش مهمی در انتقال الکترون دارد. طبق مطالعات قبلی، تبدیل هیستیدین به متیونین در پروتئین مشابه، منجر به افزایش پایداری پروتئین و بهبود عملکرد ...
بیشتر
در باکتری اسیدیتیوباسیلوسفرواکسیدانس، پروتئین‌های موجود در مسیر زنجیره انتقالالکترون از جمله پروتئین سیتوکروم C اکسیداز (CoxB)، پروتئین CoxB حاوی دو اتم مس (CuA, CuB) در ساختار خود می‌باشد. CuAنقش مهمی در انتقال الکترون دارد. طبق مطالعات قبلی، تبدیل هیستیدین به متیونین در پروتئین مشابه، منجر به افزایش پایداری پروتئین و بهبود عملکرد آن می‌شود. همچنین، اتصال متیونین به CuB در ساختار پروتئین وحشی یکی دیگر از دلایل انتخاب جهش H230M در جایگاه CuA است. پروتئین وحشی و جهشیافته در حضور غشاء دولایه POPC با استفاده از gromacs نسخه 5.1.4 شبیهسازی می‌شود. تغییرات ساختاری پروتئین جهشیافته توسط RMSD، RMSF، SASA،Rg ، DSSP،density ،thickness ، PCA، ED، DCCM وFEL بررسی شد. نتایج حاصل از تجزیهوتحلیل پروتئین‌های وحشی و جهشیافته نشان میدهد که باکتری پایداری خود را بعد از جهش حفظ میکند. به نظر میرسد جهش منجر به افزایش میزان دریافت الکترون می‌شود که نیاز به مطالعات بیشتر در این زمینه دارد. شبیهسازی دینامیکی مولکولی و نتایج آنالیزها نشان میدهد که جهش به افزایش پایداری پروتئین کمک میکند. بنابراین، این یافته رویکردهای جدیدی را از نظر خصوصیات ساختاری و احتمال انتقالالکترون ارائه میدهد.
فائزه فاطمی؛ رضا حاجی حسینی؛ عباس گل بداق؛ ابولفضل دادخواه
چکیده
چکیدهسپسیس، یکی از شایع ترین علل مرگومیر در میان بیماران تحت مراقبت های ویژه در سرتاسر جهان است. با توجه به عوارض ناشی از مصرف داروهای ضد التهابی، جایگزینی ترکیبات طبیعی در درمان سپسیس پیشنهاد می شود. تأثیر ترکیب آب فاقد دوتریوم (DDW) با اسانس گل محمدی بر روی پارامترهای دخیل در آسیب اکسیداتیو و بیان ژن سیکلواکسیژناز-2 (COX-2) در بافت ریه ...
بیشتر
چکیدهسپسیس، یکی از شایع ترین علل مرگومیر در میان بیماران تحت مراقبت های ویژه در سرتاسر جهان است. با توجه به عوارض ناشی از مصرف داروهای ضد التهابی، جایگزینی ترکیبات طبیعی در درمان سپسیس پیشنهاد می شود. تأثیر ترکیب آب فاقد دوتریوم (DDW) با اسانس گل محمدی بر روی پارامترهای دخیل در آسیب اکسیداتیو و بیان ژن سیکلواکسیژناز-2 (COX-2) در بافت ریه مورد مطالعه قرار گرفت. 100 موش صحرایی بهطور تصادفی به 5 گروه شامل گروه کنترل منفی (LAP)، گروه شاهد (CLP)، دو گروه تیمار ترکیب آب فاقد دوتریوم و اسانس گل محمدی (DDW15+EO و DDW30+EO) و گروه کنترل مثبت ایندومتاسین (IND) تقسیم شدند. سپس، سطوح فاکتورهای دخیل در استرس اکسیداتیو و بیان ژن COX-2 در پلاسما و بافت ریه اندازه‌گیری شدند. سپسیس موجب کاهش سطوح آنتی اکسیدانت کل (FRAP) و گلوتاتیون (GSH) و افزایش میزان پراکسیداسیون لیپیدها (LP) و بیان ژن COX-2 شده است، اما تیمار موش‌های صحرایی با ترکیب آب فاقد دوتریوم و اسانس گل محمدی به اندازه ایندومتاسین، در تعدیل سطوح این پارامترها مؤثر بوده است، بطوریکه سبب افزایش سطوح FRAP و GSH و کاهش سطوح LP و بیان ژن COX-2گردیده است. مطالعات پاتولوژی نیز نتایج بیوشیمیایی را تایید کرد. این مطالعه نشان میدهد که سپسیس موجب آسیب اکسیداتیو بافت ریه شده، اما کاربرد ترکیبات طبیعی چون آب فاقد دوتریوم و اسانس گل محمدی با تأثیر بر روی پارامترهای استرس اکسیداتیو و آنتی‌اکسیدانی می‌تواند در جلوگیری از این آسیب‌ها مؤثر باشد.
مهناز شجاع‌پور؛ فائزه فاطمی؛ رضا حاجی‌حسینی؛ مرضیه دهقان شاسلطنه
چکیده
چکیدهاسیدیتیوباسیلوس فرواکسیدانس یک باکتری اسیدوفیل بوده که در فرایند بیولیچینگ فلزات دخیل می باشد. Cytochrome c552 (Cyc1) یک پروتئین پریپلاسمی در این باکتری است که نقش کلیدی در انتقال الکترون در زنجیره تنفسی دارد. حضور هِم A و B در ساختار Cyc1 و نقش آن در دریافت الکترون از پروتئین قبلی (Cyc2) و انتقال آن به پروتئین بعدی (CcO)، دلیل اصلی انتخاب این ...
بیشتر
چکیدهاسیدیتیوباسیلوس فرواکسیدانس یک باکتری اسیدوفیل بوده که در فرایند بیولیچینگ فلزات دخیل می باشد. Cytochrome c552 (Cyc1) یک پروتئین پریپلاسمی در این باکتری است که نقش کلیدی در انتقال الکترون در زنجیره تنفسی دارد. حضور هِم A و B در ساختار Cyc1 و نقش آن در دریافت الکترون از پروتئین قبلی (Cyc2) و انتقال آن به پروتئین بعدی (CcO)، دلیل اصلی انتخاب این پروتئین است. در این تحقیق، با هدف بهبود فرآیند بیولیچینگ، گلوتامات 122 و هیستیدین 54 Cyc1 برای جهش نقطه‌ای در مطالعات بیوانفورماتیک انتخاب شد. ابتدا جهش‌ها توسط نرم‌افزار پایمول انجام و شبیه سازی دینامیک مولکولی برای پروتئین‌های وحشی و جهش یافته E122D و H54I در Cyc1 صورت گرفت. تغییرات ساختار فضایی پروتئین‌های وحشی و جهش یافته توسط آنالیزهایRMSD ،RMSF ، Rg، SASA و پیوندهای هیدروژنی انجام شد. نتایج حاکی از پایداری دو پروتئین جهش یافته پس از پایان شبیه سازی بود. با تبدیل گلوتامات 122 به آسپارتات، یک مولکول اسیدی، اسیدی‌تر شده و با کاهش بیش از پیش پتانسیل ردوکس در مرکز راستیسیانین، باعث سرعت انتقال الکترون به Cyc1 خواهد شد. همچنین، با کاهش پتانسیل ردوکس در محل جهش سرعت انتقال الکترون به هِم A نیز افزایش خواهد یافت. در صورت تبدیل هیستیدین 54 به ایزولوسین، حلقه ایمیدازول الکترواستاتیک به اسیدآمینهای باریشه بدون بار تغییر کرده و درنتیجه منجر به تشکیل یک پیوند هیدروژنه قوی بین دو اسیدآمینه می‌شود. بنابراین، انتقال الکترون بین Cyc1 و CcO از طریق یک مولکول آب (W79) بهبود یافته و بهدنبال آن احتمالاً سرعت بیولیچینگ افزایش خواهد یافت.
