بیوانفورماتیک
شمیم خندان علمداری؛ سمیه فرهمند؛ رضا حاجی حسینی؛ غلامرضا بخشی خانکی
چکیده
ویروس پاپیلومای انسانی (HPV) عامل بیشترین عفونت جنسی منتقل‌شونده در سراسر جهان است و گونه‌های پر‌خطر HPV حدود پنج درصد از تمام سرطان‌ها، در سراسر جهان را ایجاد می‌کنند. داروهای شیمیایی مصرفی جهت درمان این بیماری، پرهزینه بوده و عوارض جانبی متعددی دارند. بنابراین، استفاده از داروهای گیاهی درحال افزایش است. در این راستا پروتئین E6 که ...
بیشتر
ویروس پاپیلومای انسانی (HPV) عامل بیشترین عفونت جنسی منتقل‌شونده در سراسر جهان است و گونه‌های پر‌خطر HPV حدود پنج درصد از تمام سرطان‌ها، در سراسر جهان را ایجاد می‌کنند. داروهای شیمیایی مصرفی جهت درمان این بیماری، پرهزینه بوده و عوارض جانبی متعددی دارند. بنابراین، استفاده از داروهای گیاهی درحال افزایش است. در این راستا پروتئین E6 که یک پروتئین کلیدی در شروع سرطان دهانه رحم است و در تخریب P53 نقش دارد به عنوان هدف دارویی ضروری انتخاب شد. در این تحقیق، دو بازدارنده بالقوه جدید به نام بتا-سیتوسترول (CID_222284) و لونکوکارپنین (CID_54699185) به عنوان بازدارنده قوی E6 HPV-16، از کتابخانه PubChem توسط غربالگری مجازی با توان بالا شناسایی شدند. نتایج دینامیک مولکولی نشان میدهد که این ترکیبات با پایداری بالایی به پروتئین E6 متصل میشوند. نتایج سرورهای ADMET وSwiss ADME نشاندهنده این است که ترکیبات شناسایی شده احتمالا کاندیدهای بالقوهای علیهE6 HPV-16 از نظر آنالیزهای فارماکودینامیکی و فارماکوکینتیکی هستند. همچنین میتوانند با مهار کانال Pgp به عنوان داروی کمکی، در شیمی درمانی مورد استفاده قرار گیرند.
سمیه فرهمند؛ فائزه فاطمی؛ مرضیه دهقان شاسلطنه؛ رضا حاجی حسینی بغدادی؛ شهریار سعیدیان
چکیده
در باکتری اسیدیتیوباسیلوسفرواکسیدانس، پروتئین‌های موجود در مسیر زنجیره انتقالالکترون از جمله پروتئین سیتوکروم C اکسیداز (CoxB)، پروتئین CoxB حاوی دو اتم مس (CuA, CuB) در ساختار خود می‌باشد. CuAنقش مهمی در انتقال الکترون دارد. طبق مطالعات قبلی، تبدیل هیستیدین به متیونین در پروتئین مشابه، منجر به افزایش پایداری پروتئین و بهبود عملکرد ...
بیشتر
در باکتری اسیدیتیوباسیلوسفرواکسیدانس، پروتئین‌های موجود در مسیر زنجیره انتقالالکترون از جمله پروتئین سیتوکروم C اکسیداز (CoxB)، پروتئین CoxB حاوی دو اتم مس (CuA, CuB) در ساختار خود می‌باشد. CuAنقش مهمی در انتقال الکترون دارد. طبق مطالعات قبلی، تبدیل هیستیدین به متیونین در پروتئین مشابه، منجر به افزایش پایداری پروتئین و بهبود عملکرد آن میشود. همچنین، اتصال متیونین به CuB در ساختار پروتئین وحشی یکی دیگر از دلایل انتخاب جهش H230M در جایگاه CuA است. پروتئین وحشی و جهشیافته در حضور غشاء دولایه POPC با استفاده از gromacs نسخه 5.1.4 شبیهسازی میشود. تغییرات ساختاری پروتئین جهشیافته توسط RMSD، RMSF، SASA،Rg ، DSSP،density ،thickness ، PCA، ED، DCCM وFEL بررسی شد. نتایج حاصل از تجزیهوتحلیل پروتئین‌های وحشی و جهشیافته نشان میدهد که باکتری پایداری خود را بعد از جهش حفظ میکند. به نظر میرسد جهش منجر به افزایش میزان دریافت الکترون میشود که نیاز به مطالعات بیشتر در این زمینه دارد. شبیهسازی دینامیکی مولکولی و نتایج آنالیزها نشان میدهد که جهش به افزایش پایداری پروتئین کمک میکند. بنابراین، این یافته رویکردهای جدیدی را از نظر خصوصیات ساختاری و احتمال انتقالالکترون ارائه میدهد.
