مقایسه روش‌های متفاوت استخراج DNA از بافت‌های مختلف حلزون مخروطی دریایی Conus coronatus

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 علوم دریایی خرمشهر

2 دانشگاه علوم دریایی خرمشهر

3 دانشگاه هرمزگان

چکیده

چکیده
استخراج DNA ژنومی با کمیت و کیفیت مطلوب از نیازهای اساسی ژنتیک مولکولی است. این مطالعه با هدف معرفی روش بهینه استخراج DNA از بافت‌های مختلف (عضله پا، سیفون و هارپن) حلزون دریایی Conus coronatus از شاخه نرم‌تنان با روش‌های فنل–کلروفرم، استات آمونیوم و CTAB Cetyl trimethylammonium bromide)) انجام شد. برای انجام این مقایسه حدود 30 نمونه کونوس از سواحل پارک زیتون جزیره قشم جمع‌آوری شد. پس از تشریح نمونه‌ها در شرایط استریل، بافت‌های مختلف کونوس جداسازی و در اتانول 96% قرار داده شده و به آزمایشگاه منتقل گردیدند. استخراج DND از بافت‌های مختلف و با روش‌های متفاوت انجام شد. پارامترهای کمی و کیفی با استفاده از دستگاه اسپکتوفتومتر و ژل آگارز 1% مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج نشان داد که بالاترین کیفیت DNA استخراجی در روش استات آمونیوم بوده و باندهای حاصل روی ژل فاقد آلودگی بودند وDNA  استحصالی از بافت عضله پا دارای بهترین کیفیت و کمیت بود.
 

کلیدواژه‌ها


Bandyopadhyay, PK.; Stevenson, BJ.; Cady, MT.; Olivera, BM.; Wolstenholme, DR.; (2006). Complete mitochondrial DNA sequence of a Conoidean gastropod, Lophiotoma (Xenuroturris) cerithiformis: gene order and gastropod phylogeny. Toxic; 48: 29-43.##Beacham, TD.; McIntosh, B.; Wallace, C.; (2010). A comparison of stock and individual identification for sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) in British Columbia provided by microsatellites and single nucleotide polymorphisms. Can J Fish Aqua Sci; 67: 1274-1290.##Bernaldez, J.; López, O.; Licea, A.; Salceda, E.; Arellano, RO.; Vega, R.; Soto, E.; (2011). Electrophysiological characterization of a novel small peptide from the venom of Conus californicus that targets voltage-gated neuronal Ca2+ channels. Toxic; 57: 60-67.##Brauer, A.; Kurz, A.; Stockwell, T.; Heidler, J.; Wittig, I.; Kauferstein, S.; Mebs, D.; Stocklin, R.; Remm, M.; (2012). The Mitochondrial Genome of the Venomous Cone Snail Conus consors. Plos one; 7(12): 1-10.##De Bruyn, M.; Parenti, LR.; Carvalho, GR.; (2011). Successful extraction of DNA from archived alcohol-fixed white-eye fish specimens using an ancient DNA protocol. J Fish Biol; 78: 2074-2079.##Eschbach, E.; (2012). Ascertaining optimal protocols for DNA extraction of different qualities of pike (Esox lucius) tissue samples – a comparison of commonly used solid phase extraction methods. Env Biotech; 8 (1): 7-14##Hansen, MM.; (2002). Estimating the long-term effects of stocking domesticated trout into wild brown trout (Salmo trutta) populations: an approach using microsatellite DNA analysis of historical and contemporary samples. Mol Ecol.; 11: 1003-1015.##Hillis, DM.; Moritz, C.; (1990). Molecular taxonomy. Sinauer Associates Inc Publishers. Sunderland, Massachusetts. U .S. A. P: 120##Kaas, Q.; Westermann, J.; Craik, DJ.; (2010). Conopeptide characterization and classifications: An analysis using ConoServer. Toxic; 55(8): 1491-1509.##Lodhi, MA.; Guang-Ning, Y.; Weeden, NF.; Reisch, BI.; (1994). Simple and efficient method for DNA extraction from grapevine cultivars Vitis species Ampelopsis. Plant Mol Biol Rep; 12(1): 6-13.##Lucentini, L.; Caporali, S.; Palomba, A.; Lancioni, H.; Panara, F.; (2006a). A comparison of conservative DNA extraction methods from fins and scales of freshwater fish: a useful tool for conservation genetics. Conser. Genet; 592-613.##Lucentini, L.; Palomba, A.; Lancioni, H.; Natali, M.; Panara, F.; (2006b). A nondestructive, rapid, reliable and inexpensive method to sample, store and extract high-quality DNA from fish body mucus and buccal cells. Mol Ecol; 6: 257-260.##Olivera, BM.; (2006). Conus peptides: biodiversity-based discovery and exogenomics. j Biol Chem; 281(42): 31173-31177.##Shivji, MS.; Rogers, SO.; Stanhope, MJ.; (1992). Rapid isolation of high molecular weight DNA from marine macroalgae. Mar Ecol Prog Seri; 84: 197-203.##Wilfinger, WW.; Mackey, K.; Chomczynski, P.; (1997). Effect of pH and Ionic Strength on the Spectrophotometric Assessment of Nucleic Acid Purity. BioTech; 22(3): 475-481.##