بیوفیزیک
مصطفی جمالان؛ مجید زینلی؛ ابراهیم برزگری اسدآبادی
مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 10 آذر 1392
چکیده
بیان غیرمعمول و عملکرد نامتعارف فاکتورهای رشد اپیدرمی (EGFRs) می تواند عامل ایجاد کننده بدخیمی در بافت های مختلف باشد. از میان تمامی اعضای خانواده EGFRs، HER2 گیرنده ای می باشد که در عدم حضور لیگاند می تواند دیمر شده و فعال گردد. HER2 دارای نقش مهمی در ایجاد سرطان پستان است. داروی هرسپتین یک آنتی بادی مونوکلونال می باشد که دمین خارجی HER2 را هدف ...
بیشتر
بیان غیرمعمول و عملکرد نامتعارف فاکتورهای رشد اپیدرمی (EGFRs) می تواند عامل ایجاد کننده بدخیمی در بافت های مختلف باشد. از میان تمامی اعضای خانواده EGFRs، HER2 گیرنده ای می باشد که در عدم حضور لیگاند می تواند دیمر شده و فعال گردد. HER2 دارای نقش مهمی در ایجاد سرطان پستان است. داروی هرسپتین یک آنتی بادی مونوکلونال می باشد که دمین خارجی HER2 را هدف قرار داده و مانع از ایجاد دیمرهای فعال و القای آبشار پیام رسانی درون سلولی می گردد. در این پژوهش جهش های نقطه ای به منظور افزایش تمایل هرسپتین به HER2 با استفاده از روش های مدل سازی منطقی طراحی شده و در نهایت میزان کارایی موثرترین جهش نقطه ای با استفاده از روش مدل سازی دینامیک مولکولی در طی 10 نانوثانیه مورد بررسی قرار گرفت. براساس نتایج به دست آمده هرسپتین دارای جهش Tyr92Asp در زنجیره سبک، کمپلکس پایدارتری را نسبت به شکل فاقد جهش آن با HER2 ایجاد می کند. Asp92 می تواند یک پل نمکی پایدار با Lys596 از HER2 ایجاد کند که باعث کاهش انرژی الکتروستاتیک مابین VL آنتی بادی هرسپتین با HER2 می گردد و بدین طریق فاکتور RMSD در طول فرآیند شبیه سازی را متاثر می کند. کمپلکس تشکیل شده از HER2 با شکل جهش یافته هرسپتین (VL; Tyr92Asp) دارای انرژی کل کمتری در قیاس با کمپلکس هرسپتین-HER2 می باشد. اگرچه هرسپتین دارای Kd بالا (5 نانومولار) می باشد اما در عین حال دارای پتانسیل بالایی به منظور کاهش Kd است.
بیوانفورماتیک
شمیم خندان علمداری؛ سمیه فرهمند؛ رضا حاجی حسینی؛ غلامرضا بخشی خانکی
چکیده
ویروس پاپیلومای انسانی (HPV) عامل بیشترین عفونت جنسی منتقل‌شونده در سراسر جهان است و گونه‌های پر‌خطر HPV حدود پنج درصد از تمام سرطان‌ها، در سراسر جهان را ایجاد می‌کنند. داروهای شیمیایی مصرفی جهت درمان این بیماری، پرهزینه بوده و عوارض جانبی متعددی دارند. بنابراین، استفاده از داروهای گیاهی درحال افزایش است. در این راستا پروتئین E6 که ...
بیشتر
ویروس پاپیلومای انسانی (HPV) عامل بیشترین عفونت جنسی منتقل‌شونده در سراسر جهان است و گونه‌های پر‌خطر HPV حدود پنج درصد از تمام سرطان‌ها، در سراسر جهان را ایجاد می‌کنند. داروهای شیمیایی مصرفی جهت درمان این بیماری، پرهزینه بوده و عوارض جانبی متعددی دارند. بنابراین، استفاده از داروهای گیاهی درحال افزایش است. در این راستا پروتئین E6 که یک پروتئین کلیدی در شروع سرطان دهانه رحم است و در تخریب P53 نقش دارد به عنوان هدف دارویی ضروری انتخاب شد. در این تحقیق، دو بازدارنده بالقوه جدید به نام بتا-سیتوسترول (CID_222284) و لونکوکارپنین (CID_54699185) به عنوان بازدارنده قوی E6 HPV-16، از کتابخانه PubChem توسط غربالگری مجازی با توان بالا شناسایی شدند. نتایج دینامیک مولکولی نشان میدهد که این ترکیبات با پایداری بالایی به پروتئین E6 متصل میشوند. نتایج سرورهای ADMET وSwiss ADME نشاندهنده این است که ترکیبات شناسایی شده احتمالا کاندیدهای بالقوهای علیهE6 HPV-16 از نظر آنالیزهای فارماکودینامیکی و فارماکوکینتیکی هستند. همچنین میتوانند با مهار کانال Pgp به عنوان داروی کمکی، در شیمی درمانی مورد استفاده قرار گیرند.
